サーバからクローン時に間違ってユーザIDとパスワードを入力したら二度と認証ダイアログが表示されなくなってしまいました。対処法を記述します。
パスワード削除
C:\Users\[ユーザ名]\AppData\Local\Atlassian\SourceTree\passwdから該当サーバの行を削除してください。
ユーザID削除
C:\Users\[ユーザ名]\AppData\Local\Atlassian\SourceTree\userhostsから該当サーバのユーザ情報を削除してください。
※これ消さないとユーザIDがグレーアウトで表示されました。